Esta amenaza afecta a los objetos de conservación Isla Pan de Azúcar e islotes adyacentes y Ecosistema de playas y roqueríos.
Dicha contaminación se refiere a la provocada por residuos tóxicos permanentes de origen industrial minero, vertido de relaves de manera continua por más 80 años, lo cual afecta al parque nacional y a su área de influencia tanto por pasivos ambientales ubicados en las playas de Chañaral como por el flujo de desechos, en ciertas ocasiones en la actualidad, a través del Río Salado, el cual desemboca en sector del mismo nombre aledaño a la unidad.
Según el diagnóstico del estado actual de agua y sedimento marino en el parque nacional, y según la toma de muestras realizadas en el litoral costero, solo el punto de muestreo en bahía de Pan de Azúcar arroja algunos índices altos de ciertos elementos, producto del aluvión del año 2015; los demás puntos en Playa Blanca e Isla Pan de Azúcar, arrojan parámetros normales y bajo norma (CONAF, 2015).
Cabe mencionar que en la Quebrada Pan de Azúcar, en sectores medios y altos, fuera del parque, se ubican algunas faenas mineras abandonadas y otras activas correspondientes a la pequeña minería y gran minería, que en la eventualidad podrían comprometer a la unidad, ya que es una quebrada con curso e influencia directa sobre ésta; dicha quebrada se relaciona al alcance del parque nacional.