Esta amenaza afecta a todos los objetos de conservación de la unidad. Se refiere a la perturbación directa de la conducta de especies animales provocado por el acercamiento indebido de personas (turistas, investigadores, principalmente) y a la realización de actividades humanas que afectan la conducta de especies animales o degradan componentes del ecosistema.
Particularmente en la unidad se refiere a acciones como el acercamiento de botes a la Isla Pan de Azúcar a una distancia menor a lo establecido por norma y a las malas prácticas de pesca que se desarrolla en la inmediaciones; a la realización de actividades de recreación incompatibles y que afectan las especies, ecosistemas y recursos culturales del área protegida como lo es la alimentación de fauna silvestre (zorros) por parte de los turistas en el Sector del Mirador, afectando su conducta y dieta alimentaria, incluso en años de mayor sequía se han observado individuos de zorros chilla merodeando cerca de la guardería de CONAF, en donde encuentran fuentes de agua artificiales; al uso de vehículos motorizados o impulsados por fuerza humana en sectores no habilitados para el uso público que activan procesos erosivos debido a la fragilidad del suelo, éstos se manifiestan en canículas, zanjas y cárcavas; y en algunos casos el exceso de turistas o visitantes en sitios de alta sensibilidad, los cuales se concentran en la época estival, donde por falta de acciones que ayuden a delimitar y señalizar los senderos, las huellas de los visitantes quedan plasmadas en el sustrato hasta la temporada siguiente -al desarrollar la actividad en sustratos frágiles con presencia de cárcavas y canalículos se ha visto aumentada la degradación-, esto también ha afectado a las aguadas que no se encuentran delimitadas, por ende, se ve impactada la vegetación azonal por pisoteo, lo cual, a largo plazo, afecta la composición de las especies vegetales.
Particularmente para los OCC, la perturbación antrópica se refiere a basuras y desechos humanos que se han encontrado en sitios históricos tales como el ex Puerto y Fundición San José.